Per vincere la battaglia contro il coronavirus è fondamentale comprenderne meglio le caratteristiche biologiche, e in particolare le caratteristiche genomiche. Per sequenziare e analizzare l’identikit genetico del SARS-CoV-2, il virus che causa la malattia nota come covid-19, i ricercatori dell’istituto di ricerca di Shenzhen Bgi Genomics si affideranno anche alle tecnologie di Big Data analytics e a potenti risorse di calcolo informatico. E potranno farlo grazie a Intel e Lenovo.
In una mirabile collaborazione cino-statunitense, le due aziende hanno deciso di supportare Bgi Genomics mettendo a disposizione le competenze dei propri esperti di tecnologie e scienze della vita e le proprie soluzioni informatiche. Più precisamente, i ricercatori potranno contare su un cluster di high-performance computing che velocizzerà l’elaborazione dei dati contenuti nel Sequencer BGI DNBSEQ-T7, un sistema di sequenziamento del genoma.
I ricercatori di Bgi stanno analizzando raggruppamenti di microbi di pazienti sospettati di contagio. Per farsi un’idea del volume di dati in gioco, basti pensare che 1 ml di fluidi corporei contiene in media milioni di particelle virali, ciascuna caratterizzata da un genoma composto da circa 30mila basi del Dna. Questo lavoro, dunque, produrrà presumibilmente petabyte di dati, i quali per essere trasformati in informazioni utili avranno bisogno di un’infrastruttura di calcolo ad alte prestazioni e di software di analytics specifici.
“Ci sono molti aspetti del coronavirus che ancora non conosciamo”, ha spiegato Rui Wang, vicepresidente vendite, marketing e comunicazioni e country manager per le vendite in Cina di Intel. “Bgi sta lavorando all’analisi genomica del virus e a per accelerare l’identificazione dell’infezione, e questo sforzo richiede massicce risorse di calcolo. Ed è proprio qui che possiamo dare un contributo con la nostra esperienza”.
Lo scopo del progetto è quello di investigare la virulenza, i pattern di trasmissione e le interazioni tra ospite e agente patogeno: tutto questo potrà servire per definire migliori metodi diagnostici per il coronavirus e, si spera, per mettere a punto un vaccino o altre misure protettive, come l’immunoterapia.